JavascriptのデバッグはFirefoxでやってましたが、IEでのみ発生する現象でありかつ、利用しているライブラリ内らしい、ということで、デバッグがかなり困難になってました。そこで、検索すると、意外とありますね。下記サイトがベストアンサーでした。ちなみに、「Prototype」（javascriptライブラリ）のIEにおいての動作不良によるものでした。最新のPrototypeでも解消されてません。
http://labs.gmo.jp/blog/ku/2007/03/iejavascript.html
ScriptEditorでの例ですが、私の場合は、VisualStudioで行いました。
ポイントは、IEのインターネットオプションでの設定部分と、VisualStudioにおいて、プロセスにアタッチです。
プロセスにアタッチを初めて使いました
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